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Pese a que no son directamente derivados de Atari DOS, surgieron varios sistemas derivados o forkeados. Alguno de ellos son los siguientes:
Alguien de la comunidad hacker de Atari modificó el DOS 2.0, manteniendo su apariencia, para añadir algunas funciones y permitir el uso de disqueteras de densidad dual. Una nueva función añadida "RADIX", se podía usar para convertir números hexadecimales hacia base 10 o viceversa.
Escrito por John Chenoweth y Beiber Ron, era un DOS controlado mediante un Menú. Era compatible con el DOS 2.0. Estuvo entre los primeros DOS de terceros que apoyaba las unidades de disco de doble densidad. Tenía muchos avances, entre ellos copia de sectores con verificación, comprobación de velocidad, posibilidad de seleccionar la función de verificación de archivos y la reconfiguración de la disquetera.
Ambos productos de la compañía OSS (Optimized Systems Software)
OS/A+ era compatible con DOS 2.0 y permitía el uso de disquetes de doble densidad. A diferencia de la mayoría de los DOS de Atari, este utilizaba una "línea de comandos" en lugar de un "menú".
Escrito por Paul Laughton, Mark Rose, Bill Wilkinson y Mike Peters, DOS XL fue diseñado para reemplazar al OS/A+. Tenía soporte para disqueteras de densidad simple y densidad doble. Además de usar la línea de comandos del OS/A+, también tenía un programa de menú. Poseía extensiones que sacaban partido de la memoria no usada de los Atari XL/XE y de los super-cartuchos de OSS.
Este DOS podía leer disquetes SS/ED/DD/SD, y hacía uso de todos los métodos de aceleración de lectura de los discos soportados por los variados fabricantes de disqueteras independientes.
Publicado por Eclipse Software, era un DOS controlado por menú, con funciones mejoradas. Ordenaba los listados de directorios del disco y se podía configurar las opciones de despliegue. Se podía comprimir el directorio de archivos. Podía mostrar los archivos borrados y recuperarlos. Algunas características avanzadas solo funcionan bajo el formato patentado de TOPDOS.
Este DOS añadía la capacidad de usar subdirectorios y podía controlar discos duros.
Publicado por Wordmark Systems, se dispone del código fuente completo.
Este DOS utiliza una interfaz de línea de comandos. No era compatible con DOS 2.0, pero podía leer discos formateados con DOS 2.0. Permite subdirectorios y maneja discos duros con sistemas de archivos de hasta 16 MB. Incluye la capacidad de crear archivos de proceso por lotes primitivos.
Es una versión más refinada de SpartaDOS, que es muy similar al MS-DOS[1] en su apariencia. Se distribuía en un cartucho ROM de 64 K.
Desarrollado por Jiří Bernasek y licenciado como freeware, es un DOS compatible con SpartaDOS. La última versión (1.30) fue lanzada en diciembre de 1995. Comparado con el SpartaDOS original, BW-DOS tiene un consumo de memoria mucho menor y no utiliza la RAM por bajo la ROM de las máquinas XL/XE, en consecuencia, se puede utilizar en los antiguos modelos de Atari 400/800.
Licenciado como shareware por Stephen J. Carden y Ames Ken, es un DOS compatible con SpartaDOS. De hecho, se trata de una versión de SpartaDOS 3.x, a la que se le cambió el nombre por razones legales.