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Endlich habe ich den "Bug" gefunden, der verhindert hat, dass ich Dateien größer als etwa 100kb mit JAGS zurückgeben konnte:
Der Übeltäter war stream_set_blocking(). Setzt man das im für den Stream auf true knallts; ich zitiere von php.net:
Remember that fwrite() returns an int, and this int represents the amount of data really written to the stream. So, if you see that fwrite() returns less than the amount of written data, it means you'll have to call fwrite() again in the future to write the remaining amount of data.
Ich denke, JAGS ist damit soweit produktiv als Gemini-Server einsetzbar... Falls jemand da draußen JAGS schon nutzt: Updaten! :)